Studi In Silico: Hasil BLAST Gen Clock pada Megapodiidae

I Made Budiarsa; Fatmah Dhafir; Suprianto Suprianto

doi:10.30595/jrst.v6i1.10827

Authors

I Made Budiarsa Universitas Tadulako
Fatmah Dhafir Universitas Tadulako
Suprianto Suprianto Universitas Gadjah Mada

DOI:

https://doi.org/10.30595/jrst.v6i1.10827

Keywords:

In Silico, Clock, Megapodiidae

Abstract

Gen clock merupakan salah satu gen yang berperan penting dalam mengontrol ritme harian dan perilaku hewan. Beberapa jenis burung memiliki kerentanan terhadap kondisi fisik lingkungan yang berubah-ubah, seperti kelompok burung dari famili megapodiidae. Urutan nukleotida gen target diperoleh dari beberapa spesies Megapodiidae di GenBank dengan kode akses KY762758.1 (Megapodius eremite) dan KY762668.1 (Alectura lathami). Penelitian ini menggunakan metode komputasi, semua data yang diperoleh dihasilkan dari analisis secaraÂ in silico urutan nukleotida gen target. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis beberapa informasi penting, terkait filogenetik dan perkembangan database gen clock pada Megapodiidae di GenBank. Urutan nukleotida gen clock pada Megapodius eremite mempunyai panjangÂ 530 bp, nilai identitas 100 % (530/530), Gaps 0 % (0/530), Strand Plus/Plus, Expect 0.0 dan Skor 961 bits (520). Urutan nukleotida gen clock pada Alectura lathami mempunyai panjang 522 bp, nilai identitas 97 % (514/530), Gaps 1 % (8/530), Strand Plus/Plus, Expect 0.0 dan Skor 894 bits (484). Hasil Run BLAST menggambarkan bahwa informasi sequence gen clock pada Megapodiidae masih sangat jarang dikaji dan diteliti, sehingga informasi dasar terkait gen clock dari sebagian besar spesies kelompok Megapodiidae belum terdaftar di GenBank sehingga hal ini sangat mempengaruhi studi lanjut terkait gen clock pada Megapodiidae yang sangat dibutuhkan untuk keperluan riset-riset selanjutnya dibidang molekuler atau bahkan konservasi.

References

Bagus, W. I., Wirawan, G. P., & Adiartayasa, I. W. (2019). Analisis Homologi Fragmen DNACVPDr dari Jeruk Kinkit Trophasia trifolia menggunakan BLAST Protein Dan BLAST Nukleotida. Jurnal Agroekoteknologi Tropika. 8(4).

Cassone,V. M. (2014). Avian Circadian Organization: A Chorus of Clocks. Front Neuroendocrinol. (1): 76–88.

Dor, R., Cooper, C. B., Lovette, I. J., Massoni, V., Bulit F., Liljesthrom M., & Liljesthrom, D. W. (2011). Clock gene variation in Tachycinetaswallows. Ecology and Evolution. 10 (5) : 110-120.

Fidler, A. E., dan E. Gwinner, (2003). Comparative analysis of Avian BMAL1 and CLOCK protein sequences: a search for features associated with owl nocturnal behavior. Comparative Biochemistry and Physiology Part B. 136 : 861–874.

Frith, H.J. (1956). Breeding habits of the family Megapodidae. Ibis98. 620-640.

Gekakis, N., David, S., Hubert, B. N., Fred, C. D., Lisa, D.W., Wilsbacer, D. P. K., Joseph, S. T., & Charles, J. W. (1998). Role of The CLOCK Protein in The Mammalian Cicardian Mechanism. Science. 280(5369): 9-1564.

IUCN. (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Version 2016-3. [Online] Diakses 15 Oktober 2020 pada Laman: http://www.iucnredlist.org.

Jhonsen, A., Fidler, A. E., Khun, S., Carter, K. L., Hoffmann, A., Barr, I. R., Biard, C., Charmantier, A., Eens, M., Korsten, P., Siitari, H., Tomiuk., & Kenpenaers, B. (2007). Avian Clock gene polymorphism: evidence for a latitudinal cline in allele frequencies. Molecular Ecology.16 : 4867–4880.

Jones, D. & Birks, S. (1992). Megapodes: recent ideas on origins, adaptations & reproduction. Trends in Ecology & Evolution. 7: 88-91.

Karmana, W. (2009). Kajian Evolusi Berbasis Urutan Nukleotida. GaneÇ Swara. 3(3).

Katzenberg D., Young T., Finn L., Lin L., King D. P., Takahashi J. S., & Mignot E. A. (1998). CLOCK polymorphism associated with human diurnal preference. Sleep. 21:569–576.

Pearson, W. R. (2013). An Introduction to Sequence Similarity (“Homology”) Searching. Curr protect Bioinformatics. 42.

Radley, P. M., Davis, R. A., Dekker, R. W. R. J., Molloy, S. W., Blake, D., & Heinsohn, R. (2018). Vulnerability of megapodes (Megapodiidae, Aves) to climate change and related threats. Environmental Conservation. 45: 396–4 06.

Roslim, D. I., & Oktavia, S., Herman. (2015). Analisis sebagian Sekuen DNA dari Gen Meisa1 pada Ubi Kayu(Manihot esculentaCrantz.) Genotipe Menggalo dan Roti Partial DNA Sequences. Jurnal Dinamika Pertanian. XXX(2). 109-116.

Sinclair, J. R. (1995). ARE We Doing Enough? A Review Of The Conservation Status Of Megapodes And The Implemetation Of Their Action Plans. (Online) Diakses Tanggal 15 Oktober 2020 pada Laman: http://www.malleefowlvictoria.org.au/2007Forum/12.pdf

Suprianto, Budiarsa, M., & Dhafir, F. (2020). 3D Structure of VP1 Structural Protein on Enterovirus A71 Using Swiss-Model. BIOEDUSCIENCE: Jurnal Pendidikan Biologi Dan Sains. 4(1): 37-47.

Suprianto, & Budiarsa, M. (2020). COVID-19: Analaisis In-Silico Struktur Tersier nsp1 dan nsp2 pada SARS-CoV-2. Jurnal Kesehatan Manarang. 6(Nomor Khusus): 1-8.

Suprianto., Trianto, M., Alam, N., & Kirana, N.G.A.G.C. (2020). karakter Morfologi dan Analisis Daerah Conserved Gen Elongation Factor 1a (EF1a) pada Lepidotrigona terminata. Metamorfosa: Journal of Biological Sciences. 7(2): 30-39.

Young, M. W., & Kay, S. A. (2001). Time zones: a comparative genetics of circadian clocks. Nat Rev Genet. 2(9): 702-715.