1. Home
  2. Vol 17, No 2 (2020)
  3. Utomo

Analisis Polimorfisme DNA Ikan Gabus (Channa striata) Berbeda Ukuran Menggunakan Teknik RAPD

Ahmad Hanif Pranoto Utomo, Taufik Budhi Pramono, Hary Tjahja Soedibya, Purnama Sukardi, Hamdan Syakuri

Abstract


Seleksi genetik perlu dilakukan pada ikan gabus (Channa striata) yang potensial dikembangkan sebagai komoditas akuakultur di Indonesia. Teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) umum digunakan untuk mengetahui polimorfisme DNA yang dikaitkan dengan ciri fenotip suatu organisme. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui polimorfisme DNA ikan gabus (Channa striata) ukuran berbeda dengan menggunakan teknik RAPD. Sampel ikan dari sepasang induk dikelompokkan berdasarkan berat menjadi tiga kelompok: kecil (2,26-3,00 g), sedang (3,01-3,75 g), dan besar (3,76-4,50 g). Sampel DNA diisolasi dari lima individu per kelompok ukuran. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan tiga primer RAPD (OPA-02, OPA-04, OPA-07) dan hasilnya dianalisis menggunakan software PyElph. Sebagai tambahan, analisis Truss morfometrik dilakukan pada ketiga kelompok ikan tersebut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar fragmen DNA bersifat monomorfik. Beberapa fragmen DNA bersifat polimorfik, namun tidak terkait dengan kelompok ukurannya. Percabangan pada hasil analisis filogenetik tidak mencerminkan kelompok ukuran ikan. Selain itu, tiga karakter morfometrik Truss (A2, A6 dan C3) dapat digunakan sebagai penanda kelompok ukuran berat yang berbeda pada ikan gabus.


Keywords


Ikan gabus (Channa striata), Polimorfisme DNA, RAPD

References


Adesola, O.F., Awodiran, M.O., Olaleye, F., Awopetu, J.I., 2020. Genetic Characterization Based on RAPD-PCR in Cultured Strains of Clarias gariepinus ( Siluriformes : Clariidae ). Genet. Aquat. Org. 4, 81–88.

Ahmed, M.M.M., Ali, B.A., 2004. Application of RAPD markers in fish : Part I – some genera ( Tilapia , Sarotherodon and Oreochromis ) and species ( Oreochromis aureus and Oreochromis niloticus ) of Tilapia Application of RAPD markers in fish : Part I – some g. Int. J. Biotechnol. 6, 86–93. doi:10.1504/IJBT.2004.004615

Ath-thar, M.H.F., Gustiano, R., Kusmini, I.I., Prakoso, V.A., Putri, F.P., 2017. Induksi Hormonal Maturasi Gonad Ikan Gabus (Channa striata). J. Ris. Akuakultur 12, 9–20.

Awodiran, M., Afolabi, O., 2018. Genetic Diversity in Cultured and Wild Population of Clarias gariepinus ( Burchell , 1822 ) in Nigeria Using Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD ) and Microsatellite DNA. Fish. Aquac. J. 9, 247. doi:10.4172/2150-3508.1000247

Danish, M., Singh, I.J., 2018. Assessment of Genetic Diversity of Two Populations of Catfish Clarias batrachus L. Using Random Aamplified Polymorphic DNA ( RAPD ) Markers. J. Pharmacogn. Phytochem. 7, 2345–2352.

Danish, M., Singh, I.J., Giri, P., Singh, C.P., 2012. Molecular Characterization of Two Populations of Catfish Clarias batrachus L. Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers. African J. Biotechnol. 11, 14217–14226.

Ekasari, T.W.D., Retnoningsih, A., Widianti, T., 2012. Analisis Keanekaragaman Kultivar Pisang Menggunakan Penanda PCR-RFLP Pada Internal Transcribed Spacer (ITS) DNA Ribosom. J. MIPA 35, 21–30.

Gustiano, R., Oktaviani, T., Soelistyowati, D.T., Kusmini, I.I., Wahyutomo, Huwoyon, G.H., 2013. Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik pada Tiga Populasi Ikan Gabus [Channa striata (Bloch, 1793)]. Ber. Biol. 12, 325–333.

Hayuningtyas, E.P., Sinansari, S., Fahmi, M.R., Kusrini, E., Nur, B., 2018. Karakter Genotipe Tiga Populasi Ikan Rainbow Ajamaru (Melanotaenia ajamaruensis) dari Alam dan Budidaya Menggunakan RAPD. J. Ris. Akuakultur 13, 105–113.

Ikpeme, E.V., Udensi, O.U., Ekaluo, U.B., Kooffreh, M., 2015. Unveiling The Genetic Diversity in Clarias gariepinus ( Burchell , 1822 ) Using Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD ) Fingerprinting Technique. Asian J. Anim. Sci. 9, 187–197. doi:10.3923/ajas.2015.187.197

Kok, L.W., 1982. Snakeheads Their Biology And Culture. Recent Adv. Aquac. 180–213.

Kusmini, I.I., Gustiano, R., Radona, D., Prakoso, V.A., Putri, F.P., Prihadi, T.H., 2017. Karakterisasi Fenotipe Dan Genotipe Tiga Populasi Ikan Tengadak (Barbonymus schwanenfeldii). J. Ris. Akuakultur 11, 207–216.

Nursida, N.F., 2011. Polimorfisme Ikan Kerapu Macan (Ephinephelus fuscoguttatus FORSSKÅL) yang Tahan Bakteri Vibrio alginolitycus dan Toleran Salinitas Rendah serta Salinitas Tinggi. Universitas Hasanuddin.

Popoola, O.M., Fasakin, E.A., Awopetu, J.I., 2014. Genetic Variability in Cultured and Wild Populations of Clarias gariepinus ( Osteichthys : Clariidae ) Using Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD ) Marker. Croat. J. Fish. 72, 5–11.

Radona, D., Kusmini, I.I., Fariduddin, M.H., 2017. Karakterisasi Meristik dan Morfometrik Tiga Generasi Ikan Tengadak Barbonymus schwanenfeldii Asal Kalimantan Barat, Indonesia. J. Ris. Akuakultur 12, 1–8.

Radona, D., Soelistyowati, D.T., Gustiano, R., Carman, O., Kusmini, I.I., Sundari, S., 2016. Ragam Genotipe Ikan Tengadak, Barbonymus schwanenfeldii(Bleeker 1854) Persilangan Populasi Jawa dan Kalimantan Berdasarkan RAPD. J. Ris. Akuakultur 11, 99–105.

Singh, R.K., Chaudhary, B.D., 1979. Biometrical Methods In Quantitative Genetic Analysis. Biometrical Methods Quant. Genet. Anal.

Williams, J.G.K., Kubelik, A.R., Livak, K.J., Rafalski, J.A., Tingey, S. V, 1990. DNA Polymorphisms Amplified by Arbitrary Primers are Useful as Genetic Markers. Nucleic Acids Res. 18, 6531–6535.


Full Text: PDF

DOI: 10.30595/sainteks.v17i2.9376

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

ISSN: 2686-0546